新选组目前下辖4个部门——</p>

拔刀队（负责街头巷战、野外冲锋等近身战）。长官为“副长”。</p>

都察局（负责监察队士）。长官为“局长”。</p>

总务司（负责处理行政工作）。长官为“总长”。</p>

财务室（负责掌管财政及后勤）。长官为“室长”。</p>

凌驾在这4位长官之上的，便是大权独揽的新选组总队长。</p>

除此以外，还有不负责具体事务，只负责给总队长出谋划策的“参谋”一职。</p>

拔刀队下辖10支番队，每支番队各有“队长”1名、“副队长”1名、“队士”若干。</p>

都察局下辖基层职务：“目付”。</p>

总务室下辖基层职务：“支配”。</p>

财务室下辖基层职务：“勘定”。</p>

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新选组的组织架构（截至最新章）</p>

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最高管理层——</p>

京畿镇抚使、新选组总队长：橘青登</p>

副长：土方岁三</p>

局长：近藤勇</p>