光居洛十五年，田夫野老，无不尊敬，俱称为司马相公；就是妇人女子，亦群仰大名。神宗升遐，光欲入临，因自避猜嫌，不敢径行。适程颢在洛，劝光入京，光乃启程东进，将近都门，卫士见光到来，均额手相庆道：“司马相公来了！司马相公来了！”两语重叠，益饶意味。沿途人民，亦遮道聚观，各朗声道：“司马相公，请留相天子，活我百姓，勿遽归洛。”光见他一唱百和，反觉疑惧起来，竟从间道归去。太皇太后闻他入都，正要询问政要，偏待久不至，乃遣内侍梁惟简驰问。光请大开言路，诏榜朝堂。至惟简复命，蔡确等已探悉光言，先创六议入奏，大旨是：“阴有所怀，犯非其分，或扇摇重机，或迎合旧令，上则侥幸希进，下则眩惑流俗，有一相犯，立罚无赦。”太皇太后见了此议，又遣使示光。光愤然道：“这是拒谏，并非求谏；人臣只好不言，一经启口，便犯此六语了。”乃具论以闻。太皇太后即改诏颁行，言路才得渐开。
嗣召光知陈州，并起程颢为宗正寺丞。颢正拟就道，偏偏二豎缠身，竟尔去世。颢与弟颐受学周门，以道自乐，见二十四回。平时有涵养功，不动声色。既卒，士大夫无论识否，莫不衔哀。文彦博采取众论，题颢墓曰“明道先生。”惟光受命赴陈州，道经阙下，正值王珪病死，辅臣等依次递升，适空一缺。太皇太后即留光辅政，命为门下侍郎。蔡确等只恐光革除新法，又揭出三年无改的大义，传布都中。光独指驳道：“先帝所行的法度，如果合宜，虽百世亦应遵守，若为王安石、吕惠卿所创，害国病民，须当亟改，似救焚拯溺一般。况太皇太后以母改子，并不是以子改父哩。”与强词夺理者不同。
众议自是少息。
太皇太后又召吕公著为侍读，公著自扬州进京，擢授尚书左丞。京东转运使吴居厚，前继鲜于侁后任，大兴盐铁，苛敛横征，至是被言官交劾，谪置黄州，仍用鲜于侁为转运使。司马光语同列道：“子骏甚贤，不应复使居外，但朝廷欲救京东困弊，非得子骏不可。他实是个一路福星呢。当今人才甚少，怎得似子骏一百人，散布天下呢！”原来子骏即侁表字，侁既到任，即奏罢莱芜、利国两冶，及海盐依河北通商，人民大悦，有口皆碑。于是司马光、吕公著两人，同心辅政，革除新法，罢保甲，罢保马，罢方田，罢市易，削前市易提举吕嘉问三秩，贬知淮阳军，吕党皆坐黜，并谪邢恕出知随州。越年，改为元祐元年，右司谏王覿，极论蔡确、章惇、韩缜、张璪等朋邪害正，章至数十上。右谏议大夫孙觉，侍御史刘挚，左司谏苏辙，御史王岩叟、朱光庭、上官均，又连章劾论确罪，乃免确相位，出知陈州。当下擢司马光为尚书左仆射兼门下侍郎，吕公著为门下侍郎，李清臣、吕大防为尚书左右丞，李常为户部尚书，范纯仁同知枢密院事。
光时已得疾，因青苗、免役诸法，尚未尽革，西夏议亦未决，不禁叹息道：“诸害未除，我死不瞑目了。”遂折简与吕公著，略言：“光以身付医，以家事付愚子，只国事未有所托，特以属公。”公著为白太皇太后，有诏免光朝觐，许乘肩舆，三日一入省。光不敢当，且上奏道：“不见天子，如何视事？”乃改诏令光子康扶掖入对，且命免拜跪礼。光遂请罢青苗、免役二法，青苗钱罢贷，仍复常平旧法，诸大臣没甚异议。独免役法议罢后，光请仍复差役法，章惇力言不可，与光辩论殿前，语甚狂悖。太皇太后亦不免动恼，逐出知汝州。会苏轼已奉诏入都，任中书舍人，独请行熙宁初给田募役法，条陈五利。监察御史王岩叟，谓五利难信，且有十弊，轼议遂沮。群臣又各是其是，诏令资政殿大学士韩维，及吕大防、范纯仁等，详定上闻。轼本与司马光友善，竟往见光道：“公欲改免役为差役，轼恐两害相均，未见一利。”光问道：“请言害处！”轼答道：“免役的害处，是掊敛民财，十室九空，敛从上聚，下必常患钱荒，这害已经验过了。差役的害处，是百姓常受役官府，无暇农事，贪吏猾胥，且随时征比，因缘为奸，岂不是异法同病么？”光又道：“依君高见，应该如何？”轼复道：“法有相因，事乃易成。事能渐进，民乃不惊。从前三代时候，兵农合一，至秦始皇乃分作两途，唐初又变府兵为长征卒，农出粟养兵，兵出力卫农，天下称便。虽圣人复起，不能变易了。今免役法颇与此相类，公欲骤罢免役，改行差役，正如罢长征，复民兵，恐民情反多痛苦呢。”光终未以为然，只淡淡的答了数语，轼即辞出。越日，光至政事堂议政，轼复入白此事，光不觉作色。轼从容道：“昔韩魏公刺陕西义勇，公为谏官，再三劝阻，韩公不乐，公亦不顾。轼尝闻公自述前情，难道今日作相，不许轼尽言么？”以子之矛，刺子之盾，坡公可谓善言。光始起谢道：“容待妥商。”范纯仁亦语光道：“差役一事，不应速行，否则转滋民病。愚意愿公虚心受言，所有谋议，不必尽从己出。若事必专断，恐奸人邪士，反得乘间迎合了。”光尚有难色，纯仁道：“这是使人不得尽言呢。纯仁若徒知媚公，不顾大局，何如当日少年时，迎合王安石，早图富贵哩！”语亦透澈。光乃令役人悉用现数为额，衙门用坊场河渡钱，均用雇募。先是光决改差役，以五日为限，僚属俱嫌太急促，独知开封府蔡京如约，面复司马光。光喜道：“使人人奉法如君，有何不可？”待京辞退后，光乃信为可行，拟坚持到底，其实蔡京是个大奸巨猾，专事揣摩迎合，初见蔡确得势，就附蔡确，继见司马光入相，就附司马光；这种反复小人，最足误人国事。司马光忠厚待人，哪里晓得他暗中机巧呢？为后文蔡京倾宋张本。
王安石宦居金陵，闻朝廷变法，毫不为意，及闻罢免役法，愕然失声道：“竟一变至此么？”良久复道：“此法终不可罢，君实辈亦太胡闹了。”既而病死，太皇太后因他是先朝大臣，追赠太傅，后人称他为王荆公。乃是元丰三年，曾封安石为荆国公，所以沿称至今。了王安石。安石既死，余党依次贬谪，范子渊贬知陕州，韩缜罢知颍昌，李宪、王中正等，罚司宫观。郑绾、李定放居滁州，吕惠卿贬为光禄卿，分司南京，再贬为建宁军节度副使，安置建州。相传再贬吕惠卿草诏，系出苏轼手笔，内有精警语数联，传诵一时。其文云：