虽然此时福建名义上还有朝廷任命的巡抚和三司官员，但绝大部分地区都已在许家势力的掌控之中，许心素放出来的话，可要比朝廷政令更为有效。如果朝廷要就此追究许心素的责任，那么这次冲突很可能就会演变成分疆裂土的战争。

崇祯最后还是在爆发内战的压力面前选择了妥协。他深知福建的地方武装可不是中原农民军能比，许心素麾下的精锐部队几乎是清一色的海汉装备，而且不少武官都有随海汉军在外征战的经历，想对福建动手，后果恐怕将会难以收拾。

但即便朝廷对许心素的逾矩行为保持了沉默，还是因此加快了福建从大明分裂出去的速度。不久之后许心素便找了一些理由，宣布接管福建地方政务，由设在漳州的行政机构取代了原有的三司衙门，并对地方官员进行了一番大清洗。那些仍然立场鲜明坚持效忠朝廷的官员就成为了清洗对象，由效忠许心素的官员顶替了他们的职位。

这一场清洗一直持续到1643年，在此期间朝廷虽然尝试过与许心素达成和解，但依然无法阻止许心素在当地的为所欲为。北方与满清的冲突断断续续，让大明根本无法再抽出足够的兵力来应付南方的内乱。更何况一旦南方开战，与许心素同气连枝的海汉很可能也会同步动手，到时候失去了恐怕就不只是一个福建而已了。

在南北两边都开始吞并大明的时候，位于浙江的石迪文也不甘寂寞，但执委会不同意对浙江大肆出手，因为海汉还需要通过这个地区将大量商品输入到大明内陆的长江流域，并由此获得各种物资和原材料，一旦引发战事可能会使得贸易长期中断。

无奈之下，石迪文也只能再次将主意打到了海对面的日本。1643年春，兵强马壮的东海舰队再次出兵日本，对正在重建中的平户岛又进行了一轮清洗。